Один из лучших храмовых комплексов города с замечательным памятником костромского культового зодчества последней четверти XVII в. и с оградой середины XVIII и начала XIX вв. в стиле барокко и классицизма. Расположен в центре слободы при Ипатьевском монастыре и играет важную градостроительную роль. В середине XVI в. здесь стояли две деревянные церкви — шатровая Иоанна Богослова и клетская Николая Чудотворца, которые сгорели в 1680 г. Вместо них на средства монастыря и прихожан в 1681-1687 гг. возведен каменный храм Иоанна Богослова. В XVIII в. сооружено его южное крыльцо (начало XVIII в.) и при трапезной устроено два придела — Никольский (1706-1709) и Федоровский (1780). В 1765-1766 гг. весь погост обнесен с трех сторон каменной оградой с двумя воротами, а в 1811 г. построена последняя, западная часть ограды с еще одними воротами. В 1902-1903 гг. гражданским инженером И.В. Брюхановым сооружена новая трапезная храма в псевдорусском стиле и сторожка в северо-западном углу ограды.
В 1950-1960-х гг. при реставрации храма КСНРПМ воссоздана прежняя трапезная, восстановлены покрытие глав храма и южное крыльцо (арх. И.Ш. Шевелев, Л. С. Васильев). В 1970-х гг. проводилась реставрация ограды с воротами (арх. К.Г. Тороп).
Главным зданием ансамбля является церковь Иоанна Богослова — прекрасный образец костромского посадского храма XVII в., двустолпного пятиглавого и трехапсидного, с трапезной и шатровой колокольней. Он сооружен из кирпича с известковой обмазкой Кубический двусветный четверик с четырехскатным покрытием и крыльцом с юга увенчан сдвинутыми к центру луковичными главами на цилиндрических барабанах (центральный световой). Низкая алтарная часть с полукружиями апсид и прямоугольная в плане трапезная слегка сужены. Вертикальной доминантой служит стройная колокольня из двух четвериков и восьмерика, который несет ярус звона с арками на круглых столбах и высокий шатер с маленькой главкой. Убранство фасадов построено на контрасте сравнительно скупо оформленных фасадов и отдельных трактованных подчеркнуто нарядно деталей. На углах куба — широкие лопатки, в завершении — простой карниз с поребриком и три ложных закомары с каждой из сторон. Однако наличники окон выдержаны в стиле пышного узорочья, с наборными колонками, мелким кирпичным орнаментом и килевидными кокошниками различной формы. Аналогичны и перспективные порталы с дыньками у колонок и прочим декором. Еще более нарядны ярусы колокольни с различными нишками, колонками с перехватами, вставками из зеленых сюжетных изразцов и четырьмя рядами слухов в шатре. Киот над проемом входа колокольни выделен живописной вставкой (композиция “Отечество”). Южное крыльцо сочетает формы XVII в. (пучки из трех колонок, карниз типа “пилы”, ширинки и тройная аркада на коротких столбиках) с подлинно барочными элементами (фигурный портал и криволинейная, сложного рисунка лестница).
В интерьере два столба в центре с подпружными арками между ними и стенами несут три коробовых свода по линии восток-запад. В центре между столбами средний свод прорезан световым кольцом центрального барабана главы. Стенопись в интерьере храма выполнена в мае-августе 1735 г. артелью костромских иконописцев во главе с Федором Логиновым. Время создания стенописи и имена исполнителей указаны в летописи на северной стене храма: “Града (Костромы) трудившиеся изографы стефановский поп Федор Логинов с детьми Матфеем да Иваном, Яков Васильев, Егор Абрамов с сыном Семеном, Алексей Григорьев с братом Федором, покровский дьякон Федор Григорьев с сыном Иваном, Иван Алексеев, Василий Иванов, Трофим Андреев, Леонтий Федоров, Осип Данилов, Федор Михайлов, Семен Степанов. 1735” (цит. по: Н. В. Покровский. Памятники церковной старины в Костроме. С.47). В 1884-1885 гг. стенопись была поновлена, при этом авторская графья использована как рисунок, что сохранило программу росписи. В куполе центральной главы помещена композиция “Христос Вседержитель”, в простенках барабана — праотцы, ниже — пять пророков. На восточном своде — “Троица Новозаветная” с предстоящими Богоматерью и Иоанном Предтечей; на западном — “Плоды страданий Христовых” (“Процветший крест”); на северном и южном — 12 апостолов в рост, рядом — сцены мучений каждого из них. На столбах со всех сторон четыре яруса росписи. В верхнем ярусе — богородичные иконы (на западной стороне южного столба — “Троица ветхозаветная”); во втором сверху — архангелы; в третьем — шесть композиций “Песни песней” (на восточных сторонах — Иоанн воин и Федор Стратилат, царь Константин и царица Елена); в четвертом ярусе с восточной стороны — изображения икон Богоматери Владимирской и Страстной, остальные стороны закрыты приставленными киотами с иконами.
Росписи стен имеют четыре сюжетных ряда и орнаментальную панель внизу. Первый ярус сверху — “Страсти Христовы”; второй — христологический, начинается с призвания апостолов; третий — “Акафист Богоматери” и в конце ряда — избранные святые; четвертый — деяния апостола Иоанна Богослова, на северной стене — житие Николы Чудотворца (ему был посвящен один из приделов храма).
В центральной части алтаря на стенах — шесть вселенских соборов, в конхе — “Достойно есть”; в дьяконнике на стенах — житие Алексея – человека Божия (соименного святого заказчика стенописи А. Сысина), на своде — “Иже херувимы” и часть композиции “Великий вход”; в жертвеннике на стенах — “Жертвоприношение Авраамово” и “Успение Богоматери”, на своде — “Се агнец Божий” с предстоящими Богоматерью и Иоанном Предтечей.
Стенопись нуждается в реставрации, раскрытии от поздних записей, только после этого возможно в полной мере оценить авторский почерк, своеобразие таланта Федора Логинова и его товарищей. Исполнение такого большого объема живописных работ за три летних месяца предполагает большой профессионализм каждого изографа и их сработанность в артельном труде. Федор Логинов в молодости трудился под руководством Гурия Никитина в Троицком соборе Ипатьевского монастыря, по всей вероятности его артелью были расписаны разные храмы, но известен только этот, и тем ценнее его росписи, в которых просматривается преемственность традиций костромской школы монументальной живописи.
В южном крыльце росписи конца XIX в. продолжают тему посвящения храма Иоанну Богослову видением “Сидящего на престоле” и сюжетами Апокалипсиса. В интерьере храма сохранилось “тело” иконостаса “нового устройства” конца XIX в. В его структуру были включены иконы XVIII в. — в верхних ярусах и XVI-XVIII вв. — в местном ряду. Иконный ансамбль сохранился не полностью. В 1959 г. из местного ряда было украдено несколько икон.
В настоящее время большинство икон хранится в Костромском историко-архитектурном музее-заповеднике. Проведена реставрация икон местного ряда. Отреставрированная храмовая икона из местного ряда “Иоанн Богослов с Прохором на острове Патмос” с житием Иоанна содержит интереснейшую историю покровительства апостола мальчику-гусарю в освоении иконописного мастерства. Основная часть иконы написана в XVI в. и следует иконографии, разработанной в мастерской знаменитого Дионисия, но ее “горячий” колорит характерен для московской традиции середины XVI в., что вполне соответствует дате строительства двух деревянных храмов 1562 г., сгоревших в 1680 г. Дополнение иконы рядом клейм с историей гусаря относится ко времени завершения строительства каменного храма и установки первого иконостаса, иконы для которого, вероятно, писал Гурий Никитин “со товарищи”, к этому времени завершивший роспись Троицкого собора. Недавно раскрытая от записей (реставратор А.М. Малофеев) икона “Великий архиерей с припадающими Иоанном Богословом и Дмитрием Солунским” дает основание утверждать, что иконы местного ряда определенно писал сам великий мастер. Его кисти принадлежала часть икон в киотах при столбах. Иконостас дополняли резные царские врата с рельефными фигурами евангелистов, коленоприклоненных святителей Василия Великого и Иоанна Златоуста; в навершии было резное распятие с предстоящими. Скульптурными изображениями ангелов и пророков были также увенчаны киоты при столбах, часть фигур удалось сохранить и реставрировать в музее-заповеднике. В храме сохранились также чугунные полы XVIII в.
Оригинальное произведение барокко представляет церковная ограда, образующая в плане неправильный четырехугольник с воротами в восточном, северном и западном пряслах. Она состоит из кирпичного основания, украшенного различными филенчатыми нишками, и поставленных на него восьмигранных столбиков с красивыми по рисунку коваными решетками в виде пик с кружевным узором. Особенно интересны северные и восточные ворота в виде однопролетных арок с купольной кровлей и главкой на граненой шейке. Они декорированы пилястрами по краям и многоступенчатым карнизом. В киотах над проездами ворот помещались живописные сюжетные клейма. По сторонам восточных ворот устроены арочные калитки, увенчанные высокими фигурными “трибунами”. Лишь западные ворота выполнены в стиле классицизма. Это трехпролетная арка с парными колоннами на устоях проезда, луковичной главой на тонкой шейке над ним и круглыми главками над пилястрами по бокам калиток.
Небольшая одноэтажная сторожка имеет в плане форму неправильного четырехугольника со срезанным углом и скромное фасадное убранство в виде зубчикового карниза в завершении стен, замковых выступов и подоконных полок у окон с уплощенными арочными перемычками.
На кладбище рядом с церковью находится могила Ф.А Голубинского (1797-1854), известного русского философа-богослова и метафизика первой половины XIX в., основателя первой в России системы теистической православно-христианской философии, создателя школы онтологии в Московской духовной академии.
Лит.: И. Беляев. Статистическое описание соборов и церквей Костромской епархии. Спб., 1863. С. 27; В. Холмогоров. Материалы для истории Костромской епархии. Вып. 4. Костромская десятина жилых данных церквей 1628-1710 и 1742-1746 гг. Кострома, 1908. С. 55-59; ИАК, Вып. 31. СПб,. 1909. С. 93-95; Н.В. Покровский. Памятники церковной старины в Костроме. // ВАИ. Вып. XIX. СПб., 1909. С. 47; И.В. Баженов. Краткие статистические сведения о приходских церквах Костромской епархии. Кострома, 1911. С. 19-20; В. Холмогоров, Г. Холмогоров. Материалы для истории сел, церквей и владельцев Костромской губернии XV-XVIII вв. Вып. 5. Костромская и Плесская десятины. М., 1912. С. 41; В.К. и Г.К. Лукомские. Кострома. СПб., 1913. С. 245-251; Б. Дунаев. Кострома в ее прошлом и настоящем в памятниках искусства. М., 1913. С. 55; В.Н. Иванов и М.В. Фехнер. Кострома. М., 1955. С. 52; Кострома. Путеводитель-справочник. Кострома, 1963. С. 300-302; С.И. Масленицын. Кострома. Л., 1968. С. 22; В.Г. Брюсова. Ипатьевский монастырь. Ярославль, 1968. С. 81-90 В.Н. Бочков, К.Г. Тороп. Кострома: Путеводитель. Ярославль, 1970. С. 96-100; В. Иванов. Кострома. М., 1970. С. 88-91; Е.В. Кудряшов. Костромское каменное зодчество XVII в. Его особенности и пути развития. Автореферат канд. диссерт. М., 1975. С. 12-13; И.М. Разумовская. Кострома. Л., 1989. С. 40-41. ГАКО, ф. 558, оп. 2, ед. хр. 133, л. 648 об.; ф. 130, оп. 4, ед. хр. 2105, л. 1-32; ф. 137, оп. 2, ед. хр. 2345, л. 2-8. РГАДА, ф. 237, оп. 1, ч. 1, ед. хр. 34, л. 489 об.-500